SNP | SNP location | CHI3L1position | RA (n = 308) | Controls (n = 605) | P-value |
---|---|---|---|---|---|
rs6691378 | Promoter | g.-1371G/A | n (%) | n (%) | Â |
 |  | G/G | 249 (80.8) | 468 (77.4) | 0.48 |
 |  | G/A | 56 (18.2) | 130 (21.5) |  |
 |  | A/A | 3 (1.0) | 7 (1.2) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | G | 554 (89.9) | 1,066 (88.1) | 0.24 |
 |  | A | 62 (10.1) | 144 (11.9) |  |
rs10399931 | Promoter | g.-329C/T | Â | Â | Â |
 |  | C/C | 175 (56.8) | 360 (59.5) | 0.61 |
 |  | C/T | 116 (37.7) | 208 (34.4) |  |
 |  | T/T | 17 (5.5) | 37 (6.1) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | C | 466 (75.6) | 928 (76.7) | 0.62 |
 |  | T | 150 (24.4) | 282 (23.3) |  |
rs10399805 | Promoter | g.-247G/A | Â | Â | Â |
 |  | G/G | 248 (80.5) | 464 (76.7) | 0.38 |
 |  | G/A | 56 (18.2) | 134 (22.1) |  |
 |  | A/A | 4 (1.3) | 7 (1.2) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | G | 552 (89.6) | 1,062 (87.8) | 0.25 |
 |  | A | 64 (10.4) | 148 (12.2) |  |
rs4950928 | Promoter | g.-131C/G | Â | Â | Â |
 |  | C/C | 190 (61.7) | 390 (64.5) | 0.61 |
 |  | C/G | 101 (32.8) | 179 (29.5) |  |
 |  | G/G | 17 (5.5) | 36 (6.0) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | C | 481 (78.1) | 959 (79.3) | 0.56 |
 |  | G | 135 (21.9) | 251 (20.7) |  |
rs7515776 | Intron 1/ exon 1 | g.+48A/T | Â | Â | Â |
 |  | A/A | 247 (80.2) | 467 (77.2) | 0.20 |
 |  | A/T | 55 (17.9) | 132 (21.8) |  |
 |  | T/T | 6 (1.9) | 6 (1.0) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | A | 549 (89.1) | 1,066 (88.1) | 0.52 |
 |  | T | 67 (10.9) | 144 (11.9) |  |
rs1538372 | Intron 2/ exon 3 | g.+1219G/A | Â | Â | Â |
 |  | G/G | 137 (44.5) | 277 (45.8) | 0.93 |
 |  | G/A | 137 (44.5) | 262 (43.3) |  |
 |  | A/A | 34 (11.0) | 66 (10.9) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | G | 411 (66.7) | 816 (67.4) | 0.76 |
 |  | A | 205 (33.3) | 394 (32.6) |  |
rs2071579 | intron 4/ exon 4 | g.+2117G/C | Â | Â | Â |
 |  | C/C | 63 (20.5) | 123 (20.3) | 0.89 |
 |  | C/G | 149 (48.4) | 302 (49.9) |  |
 |  | G/G | 96 (31.2) | 180 (29.8) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | C | 275 (44.6) | 548 (45.3) | 0.79 |
 |  | G | 341 (55.4) | 662 (54.7) |  |
rs880633 | exon 5 | g.+2950C/T | Â | Â | Â |
 |  | C/C | 96 (31.2) | 180 (29.8) | 0.88 |
 |  | C/T | 149 (48.4) | 303 (50.0) |  |
 |  | T/T | 63 (20.4) | 122 (20.2) |  |
 |  | Allele |  |  |  |
 |  | C | 341 (55.4) | 663 (54.8) | 0.82 |
 |  | T | 275 (44.6) | 547 (45.2) |  |