TY - JOUR AU - Jarvis, J. N. AU - Jiang, K. AU - Frank, M. B. AU - Knowlton, N. AU - Aggarwal, A. AU - Wallace, C. A. AU - McKee, R. AU - Chaser, B. AU - Tung, C. AU - Smith, L. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene expression profiling in neutrophils from children with polyarticular juvenile idiopathic arthritis JO - Arthritis Rheum VL - 60 UR - https://doi.org/10.1002/art.24450 DO - 10.1002/art.24450 ID - Jarvis2009 ER - TY - JOUR AU - Knowlton, N. AU - Jiang, K. AU - Frank, M. B. AU - Aggarwal, A. AU - Wallace, C. AU - McKee, R. AU - Chaser, B. AU - Tung, C. AU - Smith, L. AU - Chen, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - The meaning of clinical remission in polyarticular juvenile idiopathic arthritis: gene expression profiling in peripheral blood mononuclear cells identifies distinct disease states JO - Arthritis Rheum VL - 60 UR - https://doi.org/10.1002/art.24298 DO - 10.1002/art.24298 ID - Knowlton2009 ER - TY - JOUR AU - Jiang, K. AU - Wong, L. AU - Sawle, A. D. AU - Frank, M. B. AU - Chen, Y. AU - Wallace, C. A. AU - Jarvis, J. N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Whole blood expression profiling from the TREAT trial: insights for the pathogenesis of polyarticular juvenile idiopathic arthritis JO - Arthritis Res Ther VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13075-016-1059-1 DO - 10.1186/s13075-016-1059-1 ID - Jiang2016 ER - TY - JOUR AU - Jiang, K. AU - Frank, M. AU - Chen, Y. AU - Osban, J. AU - Jarvis, J. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic characterization of remission in juvenile idiopathic arthritis JO - Arthritis Res Ther VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/ar4280 DO - 10.1186/ar4280 ID - Jiang2013 ER - TY - JOUR AU - Jarvis, J. N. AU - Petty, H. R. AU - Tang, Y. AU - Frank, M. B. AU - Tessier, P. A. AU - Dozmorov, I. AU - Jiang, K. AU - Kindzelski, A. AU - Chen, Y. AU - Cadwell, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evidence for chronic, peripheral activation of neutrophils in polyarticular juvenile rheumatoid arthritis JO - Arthritis Res Ther VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/ar2048 DO - 10.1186/ar2048 ID - Jarvis2006 ER - TY - JOUR AU - Dozmorov, I. AU - Knowlton, N. AU - Tang, Y. AU - Shields, A. AU - Pathipvanich, P. AU - Jarvis, J. N. AU - Centola, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hypervariable genes–experimental error or hidden dynamics JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh146 DO - 10.1093/nar/gnh146 ID - Dozmorov2004 ER - TY - JOUR AU - Komili, S. AU - Silver, P. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Coupling and coordination in gene expression processes: a systems biology view JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2223 DO - 10.1038/nrg2223 ID - Komili2008 ER - TY - JOUR AU - Hersh, A. O. AU - Prahalad, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Immunogenetics of juvenile idiopathic arthritis: A comprehensive review JO - J Autoimmun VL - 64 UR - https://doi.org/10.1016/j.jaut.2015.08.002 DO - 10.1016/j.jaut.2015.08.002 ID - Hersh2015 ER - TY - JOUR AU - Herlin, M. P. AU - Petersen, M. B. AU - Herlin, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Update on genetic susceptibility and pathogenesis in juvenile idiopathic arthritis.EMJ JO - Rheumatol VL - 1 ID - Herlin2014 ER - TY - JOUR AU - Moncrieffe, H. AU - Hinks, A. AU - Ursu, S. AU - Kassoumeri, L. AU - Etheridge, A. AU - Hubank, M. AU - Martin, P. AU - Weiler, T. AU - Glass, D. N. AU - Thompson, S. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Generation of novel pharmacogenomic candidates in response to methotrexate in juvenile idiopathic arthritis: correlation between gene expression and genotype JO - Pharmacogenet Genomics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1097/FPC.0b013e32833f2cd0 DO - 10.1097/FPC.0b013e32833f2cd0 ID - Moncrieffe2010 ER - TY - JOUR AU - Hinks, A. AU - Cobb, J. AU - Marion, M. C. AU - Prahalad, S. AU - Sudman, M. AU - Bowes, J. AU - Martin, P. AU - Comeau, M. E. AU - Sajuthi, S. AU - Andrews, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dense genotyping of immune-related disease regions identifies 14 new susceptibility loci for juvenile idiopathic arthritis JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2614 DO - 10.1038/ng.2614 ID - Hinks2013 ER - TY - JOUR AU - Maurano, M. T. AU - Humbert, R. AU - Rynes, E. AU - Thurman, R. E. AU - Haugen, E. AU - Wang, H. AU - Reynolds, A. P. AU - Sandstrom, R. AU - Qu, H. AU - Brody, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1222794 DO - 10.1126/science.1222794 ID - Maurano2012 ER - TY - JOUR AU - Schaub, M. A. AU - Boyle, A. P. AU - Kundaje, A. AU - Batzoglou, S. AU - Snyder, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Linking disease associations with regulatory information in the human genome JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136127.111 DO - 10.1101/gr.136127.111 ID - Schaub2012 ER - TY - JOUR AU - Farh, K. K. AU - Marson, A. AU - Zhu, J. AU - Kleinewietfeld, M. AU - Housley, W. J. AU - Beik, S. AU - Shoresh, N. AU - Whitton, H. AU - Ryan, R. J. AU - Shishkin, A. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genetic and epigenetic fine mapping of causal autoimmune disease variants JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature13835 DO - 10.1038/nature13835 ID - Farh2015 ER - TY - JOUR AU - Martin, P. AU - McGovern, A. AU - Orozco, G. AU - Duffus, K. AU - Yarwood, A. AU - Schoenfelder, S. AU - Cooper, N. J. AU - Barton, A. AU - Wallace, C. AU - Fraser, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Capture Hi-C reveals novel candidate genes and complex long-range interactions with related autoimmune risk loci JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10069 DO - 10.1038/ncomms10069 ID - Martin2015 ER - TY - JOUR AU - Jiang, K. AU - Zhu, L. AU - Buck, M. J. AU - Chen, Y. AU - Carrier, B. AU - Liu, T. AU - Jarvis, J. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Disease-associated single-nucleotide polymorphisms from noncoding regions in juvenile idiopathic arthritis are located within or adjacent to functional genomic elements of human neutrophils and CD4+ T cells JO - Arthritis Rheumatol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1002/art.39135 DO - 10.1002/art.39135 ID - Jiang2015 ER - TY - JOUR AU - Grom, A. A. AU - Hirsch, R. PY - 2000 DA - 2000// TI - T-cell and T-cell receptor abnormalities in the immunopathogenesis of juvenile rheumatoid arthritis JO - Curr Opin Rheumatol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1097/00002281-200009000-00012 DO - 10.1097/00002281-200009000-00012 ID - Grom2000 ER - TY - JOUR AU - Huttenlocher, A. AU - Smith, J. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Neutrophils in pediatric autoimmune disease JO - Curr Opin Rheumatol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1097/BOR.0000000000000204 DO - 10.1097/BOR.0000000000000204 ID - Huttenlocher2015 ER - TY - JOUR AU - Johnson, A. D. AU - Handsaker, R. E. AU - Pulit, S. L. AU - Nizzari, M. M. AU - O'Donnell, C. J. AU - Bakker, P. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - SNAP: a web-based tool for identification and annotation of proxy SNPs using HapMap JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn564 DO - 10.1093/bioinformatics/btn564 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Hui-Yuen, J. S. AU - Zhu, L. AU - Wong, L. P. AU - Jiang, K. AU - Chen, Y. AU - Liu, T. AU - Jarvis, J. N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chromatin landscapes and genetic risk in systemic lupus JO - Arthritis Res Ther VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13075-016-1169-9 DO - 10.1186/s13075-016-1169-9 ID - Hui-Yuen2016 ER - TY - JOUR AU - Jiang, K. AU - Sun, X. AU - Chen, Y. AU - Shen, Y. AU - Jarvis, J. N. PY - 2015 DA - 2015// TI - RNA sequencing from human neutrophils reveals distinct transcriptional differences associated with chronic inflammatory states JO - BMC Med Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s12920-015-0128-7 DO - 10.1186/s12920-015-0128-7 ID - Jiang2015 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Chepelev, I. AU - Wei, G. AU - Wangsa, D. AU - Tang, Q. AU - Zhao, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of genome-wide enhancer-promoter interactions reveals co-expression of interacting genes and modes of higher order chromatin organization JO - Cell Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/cr.2012.15 DO - 10.1038/cr.2012.15 ID - Chepelev2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, K. AU - Li, M. AU - Hakonarson, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysing biological pathways in genome-wide association studies JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2884 DO - 10.1038/nrg2884 ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Brodie, A. AU - Tovia-Brodie, O. AU - Ofran, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Large scale analysis of phenotype-pathway relationships based on GWAS results JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100887 DO - 10.1371/journal.pone.0100887 ID - Brodie2014 ER - TY - JOUR AU - Brodie, A. AU - Azaria, J. R. AU - Ofran, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - How far from the SNP may the causative genes be? JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw500 DO - 10.1093/nar/gkw500 ID - Brodie2016 ER - TY - JOUR AU - Meazza, C. AU - Travaglino, P. AU - Pignatti, P. AU - Magni-Manzoni, S. AU - Ravelli, A. AU - Martini, A. AU - Benedetti, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Macrophage migration inhibitory factor in patients with juvenile idiopathic arthritis JO - Arthritis Rheum VL - 46 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-B DO - 3.0.CO;2-B ID - Meazza2002 ER - TY - JOUR AU - Lovell, D. J. AU - Giannini, E. H. AU - Reiff, A. AU - Cawkwell, G. D. AU - Silverman, E. D. AU - Nocton, J. J. AU - Stein, L. D. AU - Gedalia, A. AU - Ilowite, N. T. AU - Wallace, C. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Etanercept in children with polyarticular juvenile rheumatoid arthritis. Pediatric Rheumatology Collaborative Study Group JO - N Engl J Med VL - 342 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM200003163421103 DO - 10.1056/NEJM200003163421103 ID - Lovell2000 ER - TY - JOUR AU - Creyghton, M. P. AU - Cheng, A. W. AU - Welstead, G. G. AU - Kooistra, T. AU - Carey, B. W. AU - Steine, E. J. AU - Hanna, J. AU - Lodato, M. A. AU - Frampton, G. M. AU - Sharp, P. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1016071107 DO - 10.1073/pnas.1016071107 ID - Creyghton2010 ER - TY - JOUR AU - Alexander, R. P. AU - Fang, G. AU - Rozowsky, J. AU - Snyder, M. AU - Gerstein, M. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Annotating non-coding regions of the genome JO - Nat Rev Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2814 DO - 10.1038/nrg2814 ID - Alexander2010 ER - TY - JOUR AU - Hollenbach, J. A. AU - Thompson, S. D. AU - Bugawan, T. L. AU - Ryan, M. AU - Sudman, M. AU - Marion, M. AU - Langefeld, C. D. AU - Thomson, G. AU - Erlich, H. A. AU - Glass, D. N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Juvenile idiopathic arthritis and HLA class I and class II interactions and age-at-onset effects JO - Arthritis Rheum VL - 62 UR - https://doi.org/10.1002/art.27424 DO - 10.1002/art.27424 ID - Hollenbach2010 ER - TY - JOUR AU - Mi, H. AU - Muruganujan, A. AU - Casagrande, J. T. AU - Thomas, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Large-scale gene function analysis with the PANTHER classification system JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.092 DO - 10.1038/nprot.2013.092 ID - Mi2013 ER - TY - JOUR AU - Michailidou, K. AU - Beesley, J. AU - Lindstrom, S. AU - Canisius, S. AU - Dennis, J. AU - Lush, M. J. AU - Maranian, M. J. AU - Bolla, M. K. AU - Wang, Q. AU - Shah, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide association analysis of more than 120,000 individuals identifies 15 new susceptibility loci for breast cancer JO - Nat Genet VL - 47 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3242 DO - 10.1038/ng.3242 ID - Michailidou2015 ER - TY - STD TI - The ENCODE Project Consortium. An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome. Nature, 2012;489:57–74. ID - ref34 ER - TY - STD TI - Gandin V, Sikstrom K, Alain T, Morita M, McLaughlan S, Larsson O, Topisirovic I. Polysome fractionation and analysis of mammalian translatomes on a genome-wide scale. J Vis Exp. 2014;17. doi:10.3791/51455. ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Winter, D. R. AU - Jung, S. AU - Amit, I. PY - 2015 DA - 2015// TI - Making the case for chromatin profiling: a new tool to investigate the immune-regulatory landscape JO - Nat Rev Immunol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nri3884 DO - 10.1038/nri3884 ID - Winter2015 ER - TY - JOUR AU - Spalinger, M. R. AU - McCole, D. F. AU - Rogler, G. AU - Scharl, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Role of protein tyrosine phosphatases in regulating the immune system: implications for chronic intestinal inflammation JO - Inflamm Bowel Dis VL - 21 UR - https://doi.org/10.1097/MIB.0000000000000297 DO - 10.1097/MIB.0000000000000297 ID - Spalinger2015 ER - TY - JOUR AU - Shlyueva, D. AU - Stampfel, G. AU - Stark, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcriptional enhancers: from properties to genome-wide predictions JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3682 DO - 10.1038/nrg3682 ID - Shlyueva2014 ER - TY - JOUR AU - Levine, M. AU - Cattoglio, C. AU - Tjian, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Looping back to leap forward: transcription enters a new era JO - Cell VL - 157 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.02.009 DO - 10.1016/j.cell.2014.02.009 ID - Levine2014 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Cai, L. AU - Chang, H. AU - Hong, P. AU - Zhou, Q. AU - Kulakova, E. V. AU - Kolchanov, N. A. AU - Ruan, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromatin interaction analysis with paired-end tag (ChIA-PET) sequencing technology and application JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-S12-S11 DO - 10.1186/1471-2164-15-S12-S11 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Brien, G. L. AU - Gambero, G. AU - O'Connell, D. J. AU - Jerman, E. AU - Turner, S. A. AU - Egan, C. M. AU - Dunne, E. J. AU - Jurgens, M. C. AU - Wynne, K. AU - Piao, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Polycomb PHF19 binds H3K36me3 and recruits PRC2 and demethylase NO66 to embryonic stem cell genes during differentiation JO - Nat Struct Mol Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2449 DO - 10.1038/nsmb.2449 ID - Brien2012 ER - TY - JOUR AU - Ou, Y. Y. AU - Mack, G. J. AU - Zhang, M. AU - Rattner, J. B. PY - 2002 DA - 2002// TI - CEP110 and ninein are located in a specific domain of the centrosome associated with centrosome maturation JO - J Cell Sci VL - 115 ID - Ou2002 ER - TY - JOUR AU - Liang, D. AU - Shen, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - MicroRNA involvement in lupus: the beginning of a new tale JO - Curr Opin Rheumatol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1097/BOR.0b013e3283563363 DO - 10.1097/BOR.0b013e3283563363 ID - Liang2012 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Jiang, K. AU - Frank, M. B. AU - Chen, Y. AU - Jarvis, J. N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Complexity and specificity of the neutrophil transcriptomes in juvenile idiopathic arthritis JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep27453 DO - 10.1038/srep27453 ID - Hu2016 ER - TY - JOUR AU - Li, L. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromatin remodeling by the small RNA machinery in mammalian cells JO - Epigenetics VL - 9 UR - https://doi.org/10.4161/epi.26830 DO - 10.4161/epi.26830 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Birnbaum, R. Y. AU - Clowney, E. J. AU - Agamy, O. AU - Kim, M. J. AU - Zhao, J. AU - Yamanaka, T. AU - Pappalardo, Z. AU - Clarke, S. L. AU - Wenger, A. M. AU - Nguyen, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Coding exons function as tissue-specific enhancers of nearby genes JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.133546.111 DO - 10.1101/gr.133546.111 ID - Birnbaum2012 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Notani, D. AU - Rosenfeld, M. G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Enhancers as non-coding RNA transcription units: recent insights and future perspectives JO - Nat Rev Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2016.4 DO - 10.1038/nrg.2016.4 ID - Li2016 ER - TY - JOUR AU - Ahituv, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Exonic enhancers: proceed with caution in exome and genome sequencing studies JO - Genome Med VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-016-0277-0 DO - 10.1186/s13073-016-0277-0 ID - Ahituv2016 ER - TY - JOUR AU - Pauli, A. AU - Rinn, J. L. AU - Schier, A. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Non-coding RNAs as regulators of embryogenesis JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2904 DO - 10.1038/nrg2904 ID - Pauli2011 ER - TY - JOUR AU - Wong, J. J. AU - Ritchie, W. AU - Ebner, O. A. AU - Selbach, M. AU - Wong, J. W. AU - Huang, Y. AU - Gao, D. AU - Pinello, N. AU - Gonzalez, M. AU - Baidya, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Orchestrated intron retention regulates normal granulocyte differentiation JO - Cell VL - 154 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.06.052 DO - 10.1016/j.cell.2013.06.052 ID - Wong2013 ER -