Local expression of matrix metalloproteinases, cathepsins, and their inhibitors during the development of murine antigen-induced arthritis

Schurigt, Uta; Stopfel, Nadine; Hückel, Marion; Pfirschke, Christina; Wiederanders, Bernd; Bräuer, Rolf

doi:10.1186/ar1466

Table 2 Results of oligonucleotide chip analyses for matrix metalloproteinase (MMP), cathepsin, tissue inhibitor of metalloproteinases (TIMP) and cystatin expression

From: Local expression of matrix metalloproteinases, cathepsins, and their inhibitors during the development of murine antigen-induced arthritis

Gene	Probe set ID	First screening set						Second screening set
		Day 0		Day 3		Day 14		Day 0		Day 3		Day 14
		S	D	S	D	S	D	S	D	S	D	S	D
MMP-2	161509_at	34	A	17,2	A	6,2	A	14,5	A	19,2	A	31,8	A
MMP-2	95663_at	22,8	A	23,6	A	12,1	A	25,6	A	33,9	A	22,8	A
MMP-3	98833_at	35,6	P	97,4	P	38,5	P	35	P	424,5	P	84,3	P
MMP-7	162318_r_at	24,2	A	4	A	3,9	A	3,8	A	11,7	A	2,2	A
MMP-7	92917_at	3	A	5,4	A	2,6	A	4,1	A	1,8	A	2,7	A
MMP-8	94769_at	940,1	P	830,2	P	823,8	P	998,7	P	778,2	P	1006,5	P
MMP-9	162369_f_at	237	P	170,6	P	175,5	P	172,1	P	179,4	P	147,1	P
MMP-9	99957_at	2481,1	P	2287,7	P	1993,7	P	1838,9	P	2177	P	2264,3	P
MMP-10	94724_at	16	A	1,4	A	2	A	2	A	5,5	A	0,9	A
MMP-11	100016_at	42,3	A	47,7	M	26,1	A	40,1	A	30,5	A	53	A
MMP-12	95338_s_at	20,1	A	38,1	A	7	A	19,7	A	21,2	A	8,1	A
MMP-12	95339_r_at	33	A	81,9	A	32,6	A	15,2	A	71,8	A	30	A
MMP-13	161219_r_at	64,5	P	61,4	M	62,9	A	56,6	A	69,8	P	35,1	A
MMP-13	100484_at	1202,4	P	927	P	843,5	P	1510,5	P	1373,3	P	1184,2	P
MMP-14	160118_at	796,5	P	876,4	P	717,9	P	607,6	P	611,8	P	753,3	P
MMP-15	93612_at	40,7	A	9,4	A	7,3	A	24,6	A	11,5	A	15,7	A
MMP-16	98280_at	12,7	A	3,7	A	5,3	A	8,6	A	8,8	A	5,5	A
MMP-17	92461_at	35,4	A	43,4	M	26,3	A	35,4	A	56,1	A	43	A
MMP-24	160665_at	4,4	A	3,1	A	2,5	A	5,2	A	4,4	A	3,8	A
TIMP-1	101464_at	525,5	P	617,2	P	427,7	P	383,4	P	652,7	P	407,3	P
TIMP-2	93507_at	147,6	P	122,9	A	126,3	A	152,4	P	188,1	P	131,3	A
TIMP-3	160519_at	367,3	P	451,3	P	484,6	P	553,2	P	518,8	P	521	P
Cathepsin B	92256_at	78,3	P	113,1	P	46,5	P	102,5	P	104,8	P	88,9	P
Cathepsin B	94831_at	2150,4	P	2480,2	P	2244	P	1666,8	P	2013	P	1694	P
Cathepsin B	95608_at	119,6	P	96	M	117,5	P	156,3	P	121,7	P	100,7	P
Cathepsin C	101019_at	286,7	P	188,5	P	192,6	P	298,7	P	339,5	P	197,6	P
Cathepsin C	101020_at	145,8	P	97	P	101,6	P	150,6	P	251,5	P	126	P
Cathepsin C	161251_f_at	42,8	P	53,2	A	42,8	M	64,2	A	52,2	A	68,8	A
Cathepsin D	93810_at	1934	P	2280,4	P	1968,3	P	1551,4	P	1526	P	1994,3	P
Cathepsin E	104696_at	853,1	P	1383,5	P	1680,7	P	1619,9	P	1367,1	P	1368,3	P
Cathepsin F	97336_at	169	P	196,9	P	186,6	P	149,5	P	136	P	181,7	P
Cathepsin G	92924_at	1329	P	931	P	952,8	P	813,1	P	860,2	P	910,6	P
Cathepsin H	94834_at	506,5	P	565,4	P	399	P	319,9	P	399,2	P	398,2	P
Cathepsin K	160406_at	1312,8	P	1256,8	P	1296,1	P	1048,2	P	971,3	P	1202,5	P
Cathepsin L	101963_at	327,5	P	237,1	P	251,3	P	385,8	P	359,1	P	308,2	P
Cathepsin S	98543_at	1184,2	P	2003,7	P	1208,8	P	1549,8	P	2321,3	P	1349,6	P
Cathepsin W	92214_at	11,6	A	7,4	A	23,1	A	38,7	A	17,8	A	44	A
Cathepsin Z	92633_at	273,1	P	278,4	P	215,8	P	274,8	P	228	P	265,3	P
Cathepsin 7	97678_r_at	0,5	A	0,4	A	2,6	A	10,8	A	4	A	1	A
Cystatin B	100581_at	895,4	P	964,3	P	881,6	P	896,3	P	1017,8	P	760,4	P
Cystatin F	102638_at	360,4	P	375,4	P	280,4	P	343	P	334,3	P	366,8	P
Cystatin 8	103245_at	11,7	A	24,7	P	8,6	A	10,1	A	10,8	A	11,3	A
Cystatin 9	103296_at	5,2	A	12,8	A	6,4	A	25,2	A	2,5	A	32,4	A
Cystatin C	161522_i_at	130,6	P	180,2	P	201,9	P	105,7	P	91,1	P	215,5	P
Cystatin C	99586_at	2978,9	P	2793,1	P	3150,2	P	2467,9	P	2313,2	P	2982,7	P
β-actin	M12481_5_at	9831	P	7177,8	P	7669,6	P	9942,5	P	9216,7	P	16027,1	P
β-actin	M12481_M_at	10941	P	11693	P	10336,4	P	11128	P	11603,2	P	19708,7	P
β-actin	M12481_3_at	12579	P	15514	P	12970,5	P	14876	P	12678,2	P	21765,3	P

The MG_U74Av2 Affymetrix oligonucleotide chip (array A) was used to analyze gene expression in murine arthritic knee joints during the course of antigen-induced arthritis (see Materials and Methods). We hybridized six chips with samples from two individual animals for each point of time (first screening set, days 0, 3 and 14; second screening set, days 0, 3 and 14). The table contains the following information: analyzed genes with Affymetrix probe set IDs, signal intensity (S) and detection information (D), with an absent call indicated by A, a marginal call by M and a present call by P. Probe sets with a present call (P) for all investigated days are indicated in bold.

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ISSN: 1478-6362

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