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Table 1 Histone marks in the SNP LD blocks in neutrophils and CD4 + T cells

From: Chromatin landscapes and genetic risk for juvenile idiopathic arthritis

LD region

SNP

Neutrophils

CD4 + T cells

H3K4me1 mark

H3K27ac mark

H3K4me1 mark

H3K27ac mark

chr1: 206940310 - 206947167

rs1800896

Y

N

Y

Y

chr1: 25197155 - 25203390

rs4648881

Y

N

Y

N

chr11: 36336263 - 36371757

rs4755450, rs7127214

N

N

N

N

chr12: 111884608 - 111932800

rs3184504

Y

Y

Y

Y

chr12: 112486818 - 112906415

rs17696736

Y

Y

Y

Y

chr13: 40299842 - 40368601

rs7993214, rs9532434

N

N

Y

N

chr13: 43056036 - 43066523

rs34132030

N

N

N

N

chr16: 11400900 - 11435990

rs66718203

Y

Y

Y

N

chr18: 12821903 - 12880206

rs7234029

Y

Y

Y

Y

chr2: 100806514 - 100837567

rs10194635, rs6740838, rs1160542

Y

N

Y

Y

chr2: 191900449 - 191935804

rs3821236

Y

Y

Y

Y

chr2: 191943742 - 191970120

rs7574865

N

N

Y

N

chr22: 24234493 - 24237862

rs755622

Y

Y

Y

Y

chr3: 119125202 - 119243934

rs4688013, rs4688011

Y

Y

Y

Y

chr3: 46253650 - 46350716

rs79893749

Y

Y

Y

Y

chr4: 123141054 - 123548068

rs17388568

Y

Y

Y

Y

chr6: 112359543 - 112448654

rs2280153

Y

Y

Y

Y

chr6: 137959235 - 138006504

rs6920220

N

N

Y

N

chr6: 31492453 - 31543031

rs1800629

N

Y

Y

Y

chr7: 22774437 - 22811384

rs6946509, rs7808122

N

N

N

N

chr7: 28152193 - 28243473

rs10280937, rs73300638

Y

Y

Y

Y

chr9: 123636121 - 123723351

rs10818488

Y

Y

Y

Y

chr9: 123640500 - 123706382

rs2900180

Y

Y

Y

Y

  1. SNP single nucleotide polymorphism, LD linkage disequilibrium, chr chromosome, Y yes, N no